Epipactis microphylla (Ehrh.) Sw., 1800

Cette orchidée est rare en Franche-Comté où elle est présente sur une dizaine de communes seulement. La majorité des stations connues sont présentes dans le massif du Jura où l’espèce est présente de manière très disséminée dans le Haut-Jura aux Bouchoux, à Lajoux et Bois d’Amont, dans la région des lacs à Bonlieu, le bassin du Drugeon à la Planée et la réculée de Baume-les-Messieurs à Blois-sur-Seille et Ladoye-sur-Seille. Ailleurs, elle est connue de manière très localisée à Belfort, dans le pays de Bourguignon-lès-Morey et dans le faisceau de Quingey à Villars-Saint-Georges. Dans les années 70 à 90, l’espèce a également été relevée dans les Hauts Monts à Prémanon et Morbier, la Haute-Joux à Foncine-le-Haut, le Pays de Montbéliard à Bondeval et la région doloise à Rainans.

L’épipactis à petites feuilles est une plante d’ombre se développant principalement à l’étage montagnard sur des sols calcaires, frais à assez secs et assez pauvres en nutriments. C’est une espèce des hêtraies et hêtraies-chênaies collinéennes à montagnardes et mésoxérophiles à xéroclines du Cephalanthero rubrae – Fagion sylvaticae, et plus particulièrement les hêtraies de pente thermoclines du Carici albae – Fagetum sylvaticae.

L'épipactis à petites feuilles est protégé et vulnérable en Franche-Comté (VU), mais de préoccupation mineure en Rhône-Alpes (LC), où il est également protégé. La principale menace est une exploitation forestière trop intensive, notamment par la création brutale d’ouvertures dans les milieux forestiers et la circulation d’engins lourds. C'est une espèce à prendre en compte dans les plans de gestion forestiers. L'espèce est rare mais de nombreuses stations sont présentes dans le territoire du PNR. La responsabilité du Parc dans sa conservation dans le massif du Jura français est donc forte.